Modelagem molecular e caracterização de docking de CzR1, um gene CC-NBS-LRR R de Curcuma zedoaria Loeb. que confere resistência a Pythium aphanidermatum

Os genes NBS-LRR R da planta reconhecem vários padrões moleculares associados a patógenos (PAMPs) e limitam a infecção por patógenos por meio de uma resposta de defesa multifacetada. CzR1, um gene R de repetição em espiral e rico em leucina, isolado de Curcuma zedoaria L, exibe resistência constitutiva a diferentes cepas de P. aphanidermatum. A maioria dos oomicetos necrotróficos é caracterizada pela presença de carboidratos PAMPs β-glucanos em suas paredes celulares que intercatam com R-genes. No presente estudo, previmos a estrutura 3D (tridimensional) do CzR1 com base na modelagem de homologia usando o módulo de homologia do Prime por meio da interface Maestro do pacote Schrodinger versão 2.5. A investigação de docking de CzR1 com β-glucano usando o software Glide sugere que seis resíduos de aminoácidos, Ser186, Glu187, Ser263, Asp264, Asp355 e Tyr425 atuam como resíduos catalíticos e estão envolvidos na ligação de hidrogênio com o ligante β- (1,3) -D-Glucan. A distância calculada entre os átomos de oxigênio carboxílico do par Glu187-Asp355 está bem dentro da distância de 5Å, sugerindo uma atividade de glucanase positiva de CzR1. A elucidação dessas características moleculares ajudará na triagem in silico e na compreensão da base estrutural da ligação do ligante à proteína CzR1 e abrirá novos caminhos para o desenvolvimento de resistência à podridão de rizoma de amplo espectro na cúrcuma cultivada.