Montagem de novo de transcriptomas, mineração e desenvolvimento de novos marcadores EST-SSR em Curcuma alismatifolia (família Zingiberaceae) por meio de sequenciamento Illumina

Curcuma alismatifolia amplamente utilizada como planta ornamental na Tailândia e no Camboja. Esta espécie de herbácea perene da família Zingiberaceae, inclui cultivares com grande variedade de cores e longa vida pós-colheita, sendo utilizada como flor de corte ornamental, planta em vaso e em paisagens exteriores. Para melhoramento genético posterior, no entanto, pouca informação genômica e nenhum marcador molecular específico estão disponíveis. O presente estudo usou o sequenciamento Illumina e a montagem de novo do transcriptoma de dois cvs C. alismatifolia, ‘Chiang Mai Pink’ e ‘UB Snow 701’, para desenvolver marcadores de repetição de sequência simples para estudos de diversidade genética. Após a montagem de novo, 62.105 unigenes foram gerados e 48.813 (78,60%) mostraram semelhanças significativas contra seis bancos de dados de proteínas funcionais. Além disso, 9.351 repetições de sequência simples de tag de sequência expressa (EST-SSRs) foram identificadas com uma frequência de distribuição de 12,5% do total de unigenes. De 8.955 primers EST-SSR projetados, 150 primers foram selecionados para o desenvolvimento de potenciais marcadores moleculares. Dentre esses marcadores, 17 marcadores EST-SSR apresentaram um nível moderado de diversidade genética entre três cultivares de C. alismatifolia, um híbrido, três Curcuma e duas espécies de Zingiber. Três grupos genéticos diferentes dentro dessas espécies foram revelados usando marcadores EST-SSR, indicando que os marcadores desenvolvidos neste estudo podem ser efetivamente aplicados na análise genética de populações de espécies de Curcuma e Zingiber. Este relatório descreve a primeira análise dos dados do transcriptoma de um importante cultivar de gengibre ornamental, também fornece um recurso valioso para a descoberta de genes e desenvolvimento de marcadores no gênero Curcuma.