Explorando bancos de dados de EST para a mineração e caracterização de marcadores de repetição de sequência curta (SSR) em Catharanthus roseus L

A pervinca (Catharanthus roseus L.) (Família: Apocyanaceae) é uma planta ornamental com grandes propriedades medicinais. Embora seja representado por sete espécies, pouco trabalho foi realizado em sua caracterização genética devido à indisponibilidade de marcadores moleculares confiáveis. As repetições de sequência simples (SSRs) têm sido amplamente aplicadas como marcadores moleculares em estudos genéticos. Com o rápido aumento na deposição de sequências de nucleotídeos em bancos de dados públicos e o advento de ferramentas de bioinformática, tornou-se uma abordagem econômica e rápida para fazer a varredura de repetições de microssatélites e explorar a possibilidade de convertê-las em potenciais marcadores genéticos. Os marcadores de sequência expressa (EST’s) de Catharanthus roseus foram usados ​​para o rastreio de repetições de sequência simples (SSR’s) de Classe I (hipervariáveis). Um total de 502 repetições de microssatélites foi detectado a partir de 21730 sequências EST de açafrão após a eliminação da redundância. A densidade média de SSRs de Classe I é de 1 SSR por 10,21 kb de EST. Mononucleotídeos foi a classe mais abundante de motivos microssatélites. Representou 44,02% do total, seguido pelo trinucleotídeo (26,09%) e repetições dinucleotídicas (14,34%). Entre todos os motivos repetidos, (A / T) n foi responsável pela maior proporção (36,25%) seguido por (AAG) n. Esses SSRs detectados podem ser usados ​​para projetar primers que têm importância funcional e também devem facilitar a análise da diversidade genética, variabilidade, mapeamento de ligação e relações evolutivas em plantas, especialmente plantas medicinais.