Aplicação da análise de polimorfismo de nucleotídeo único do gene trnK para a identificação de plantas Curcuma

Descobrimos anteriormente que plantas e drogas Curcuma derivadas de Curcuma longa, C. phaeocaulis, C. zedoaria e C. aromatica poderiam ser identificadas pelas diferenças de nucleotídeos em dois locais e pela existência de um indel de 4 bases no gene trnK. Neste artigo, com base em sequências de nucleotídeos específicas da espécie, a aplicação de um novo método, análise de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) foi investigada para identificar plantas Curcuma de forma mais conveniente. Em primeiro lugar, três tipos de primer reverso foram sintetizados em comprimentos diferentes, 34 mero, 26 mero e 30 mero, para anelar os DNAs de molde de cada espécie em locais imediatamente a montante das posições de substituição 177 e 645, e no local incluindo o inserção de base de 728 a 731, respectivamente. Após a reação de extensão de base única desses primers usando ddNTPs marcados com fluorescência e produtos de PCR da região do gene trnK como molde, os produtos resultantes foram detectados usando um ABI PRISM 310 Genetic Analyzer. O eletroforetograma mostrou três ou dois picos em posições diferentes dependendo dos comprimentos do produto 27 mer, 31 mer e 35 mer. Cada pico foi derivado dos ddNMPs marcados com fluorescência incorporados complementares aos nucleotídeos molde nas posições 645, 724 e 177, respectivamente. C. phaeocaulis mostrou três picos de ddCMP, ddAMP e ddAMP. As outras três espécies apresentaram dois picos derivados de produtos 27 mer e 35 mer: picos de ddCMP e ddAMP em C. longa, os de ddCMP e ddTMP em C. zedoaria e os de ddTMP e ddAMP em C. aromatica. Assim, a análise SNP para identificar quatro plantas Curcuma foi desenvolvida recentemente.