Resequenciamento de Curcuma longa L. cv. Kedaram, por meio do perfil do transcriptoma, revela várias transcrições de romance


doi: 10.1016 / j.gdata.2016.08.010. eCollection 2016 set.

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Ambika Sahoo et al. Por Dados. .

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Resumo

Curcuma longa L. (Cúrcuma), da família Zingiberaceae, é uma das espécies de plantas economicamente e medicinalmente importantes. É uma cultura de especiarias estéril, poliplóide e propagada vegetativamente, cultivada geralmente no sudeste da Ásia. No presente estudo, realizamos o re-sequenciamento por meio do perfil do transcriptoma de Curcuma longa cv. Kedaram (Cl_Ked_6). Adquirimos um total de 1 GB de dados brutos por meio de novo sequenciamento por meio de sequenciamento emparelhado usando a plataforma Nextseq 500. Os dados brutos obtidos neste estudo podem ser acessados ​​no banco de dados NCBI com o número de acesso SRR3928562 com o número de acesso do bioprojeto PRJNA324755. A ferramenta Cufflinks-2.2.1 foi usada para a montagem do transcriptoma que resultou em 39.554 números de transcrições. O comprimento da transcrição variou de 76 a 15.568, com valor N50 de 1221 e comprimento médio da transcrição de 860. Anotamos as transcrições usando vários bancos de dados. Esses dados serão benéficos para estudar variações de sequência, particularmente SNPs entre cultivares de açafrão, para a identificação autêntica e a descoberta de novos transcritos funcionais em Kedaram.

Palavras-chave: Curcuma longa; Kedaram; Próxima seq 500; RNA-seq; Transcriptoma.

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Referências

    1. Sasikumar B. Recursos genéticos da curcuma: diversidade, caracterização e utilização. Plant Genet. Recurso. Charact. Util. 2005; 3: 230–251.
    1. Selvan MT, Thomas KG, Manojkumar K. Indian Spices-Production and Utilization. Conselho de Desenvolvimento de Coco; Índia: 2002. Ginger (Zingiber officinale Rosc.) Pp. 110–131.
    1. Sasikumar B., George KJ, Saji KV, Zachariah TJ Duas novas variedades de cúrcuma (Curcuma longa L.) de alto rendimento e alto rendimento – ‘IISR Kedaram’ e ‘IISR Alleppey Supreme’. J. Spices Aromat. Plantações. 2014; 14 (1)
    1. Trapnell C., Pachter L., Salzberg SL TopHat: descobrindo junções de splice com RNA-seq. Bioinformática. 2009; 25 (9): 1105–1111. – PMC PubMed
    1. Trapnell C., Williams BA, Pertea G., Mortazavi A., Kwan G., van Baren MJ, Salzberg SL, Wold BJ, Pachter L. Montagem de transcrição e estimativa de abundância de RNA-seq revela milhares de novos transcritos e troca entre isoformas . Nat. Biotechnol. 2010; 28 (5): 511. – PMC PubMed

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