Identificação de potencial inibidor baseado em planta contra proteases virais de SARS-CoV-2 através de docking molecular, cálculos de energia de ligação MM-PBSA e simulação de dinâmica molecular

A doença coronavírus 2019 (COVID-19), causada pelo novo coronavírus, SARS-CoV-2, emergiu recentemente como uma pandemia. Aqui, foi feita uma tentativa por meio de triagem de alto rendimento in-silico para explorar os compostos antivirais de plantas tradicionalmente usadas para tratamentos antivirais na Índia, a saber, chá, nim e cúrcuma, como inibidores potenciais de duas proteases virais amplamente estudadas, a protease principal (Mpro ) e protease semelhante à papaína (PLpro) do SARS-CoV-2. Estudo de docking molecular usando BIOVIA Discovery Studio 2018 revelou, (-) – epicatequina-3-O-galato (ECG), um polifenol do chá tem uma afinidade de ligação para ambos os receptores selecionados, com a energia CDocker mais baixa – 46,22 kcal mol^-1 para energia SARS-CoV-2 Mpro e CDocker – 44,72 kcal mol^-1 para SARS-CoV-2 PLpro, respectivamente. O SARS-CoV-2 Mpro complexado com (-) – epicatequina-3-O-galato, que apresentou a melhor afinidade de ligação, foi submetido a simulações de dinâmica molecular para validar sua afinidade de ligação, durante o qual, o root-mean-square- os valores de desvio dos sistemas SARS-CoV-2 Mpro-Co-cristal (N3) e SARS-CoV-2 Mpro- (-) – epicatequina-3-O-galato são mais estáveis ​​do que SARS-CoV-2 Mpro sistema. Além disso, (-) – epicatequina-3-O-galato foi submetido a análise QSAR que previu IC₅₀ de 0,3281 nM contra SARS-CoV-2 Mpro. No geral, (-) – epicatequina-3-O-galato mostrou uma potencial afinidade de ligação com SARS-CoV-2 Mpro e pode ser proposto como um potencial composto natural para o tratamento com COVID-19.