De EST a modelos de estrutura para inferência funcional dos genes APP, BACE1, PSEN1, PSEN2
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Artigo PMC grátisResumo
O estresse oxidativo e as alterações bioquímicas sucessivas resultam em morte neuronal e crescimento de placas neuríticas na doença de Alzheimer (DA). Portanto, é interessante analisar os genes da proteína precursora βeta-amilóide (APP), beta-secretase 1 (BACE1), presenilina (PSEN1 e PSEN2) de tecidos cerebrais para obter informações. O desenvolvimento de inibidores potenciais para esses alvos é significativo. As sequências EST dos genes 2898 (APP), 539 (BACE1), 786 (PSEN1) e 314 (PSEN2) foram analisadas neste estudo. Um contig sequências com APP (contigs 1-4), BACE1 (contigs 5-7), PSEN1 (contigs 8, 9, 10, 11), PSEN2 (contigs 13, 14) exceto PSEN1 (contigs 10) e PSEN2 (contigs 13 ) genes foram identificados. APP (contig 3 sem erro de tradução) foi ainda analisado usando modelagem molecular e docking para mostrar sua ligação com a curcumina (curcuminóide principal da cúrcuma) com energia de interação de -7,3 kcal / mol para consideração posterior como um inibidor potencial.
Palavras-chave: Doença de Alzheimer; Curcumina; Proteína hipotética.
© 2019 Informática Biomédica.
Declaração de conflito de interesse
Os autores confirmam que o conteúdo deste artigo não possui conflito de interesses.
Figuras
Representação gráfica de sequências de proteínas contig obtidas a partir de sequências de tradução ESTscan2. A caixa de cor vermelha representa o nível de tradução do erro X em APP (Contig 1, 2, 4), BACE1 (5, 6, 7), PSEN1 (8,9,11) e PSEN2 (14), exceto a sequência APP contig 3.
Representação gráfica da proteína hipotética modelada e validada de APP. A) As regiões de domínio de cor vermelha mostram APP N (ligação de heparina N-terminal de Amyloid A4); A cor azul é APP Cu bd (ligação de cobre do precursor amilóide, CuB); A cor amarela é Kunitz BPTI (Kunitz / inibidor de tripsina pancreática bovina); A cor magenta é APP E2 (domínio E2 da proteína precursora de amiloide); A cor ciano é β-amilóide e a cor laranja é APP C (APP-amiloide). B) Verifique se o gráfico 3D mostrou intervalos de pontuação entre -1,0 a 0,7.
Interação da proteína APP modelada acoplada à curcumina. A cor laranja clara representa proteína; a cor verde é o composto de curcumina e a cor azul é os resíduos interagidos.
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