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Análise de docking molecular de fitoquímicos selecionados contra o receptor pro SARS-CoV-2 M


doi: 10.1007 / s42535-020-00162-1. Online antes da impressão.

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Saksham garg et al. Vegetais. .

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Resumo

Atualmente, o mundo está em guerra com o novo coronavírus e sem nenhum tratamento imediato disponível, o flagelo causado pelo SARS-CoV-2 está aumentando dia a dia. Muitas pesquisas estão em andamento para o candidato a medicamento em potencial que poderia ajudar o sistema de saúde nessa luta. As plantas são um banco de dados natural de compostos bioativos. Muitos fitoquímicos estão sendo estudados para várias doenças, incluindo câncer, infecções bacterianas e virais, etc. O presente estudo tem como objetivo rastrear 38 compostos bioativos de 5 plantas selecionadas, viz., Azadirachta indica, Curcuma longa, Zingiber officinale, Ocimum basilicum e Panax ginseng contra SARS-CoV-2. A regra de Lipinski foi considerada a base para a triagem inicial. Os compostos selecionados foram submetidos a um estudo de docking molecular com Mpró receptor presente no SARS-CoV-2. O estudo identificou que gedunina, epoxyazadiradiona, nimbina e ginsenosídeos têm potencial para inibir Mpró atividade e suas energias de ligação são – 9,51 kcal / mol, – 8,47 kcal / mol, – 8,66 kcal / mol e – 9,63 kcal / mol, respectivamente. Com base em estudos de radar de biodisponibilidade, a gedunina e a epoxyazadiradiona são os dois compostos mais potentes usados ​​para estudos de simulação de dinâmica molecular. Estudos de dinâmica molecular mostraram que a gedunina é mais potente do que a epoxiazadiradiona. Para descobrir a eficácia e propor o mecanismo exato, estudos in vitro podem ser realizados com gedunina.

Palavras-chave: Coronavírus; Docking molecular; Dinâmica molecular; Fitoquímicos.

Figuras

Figura 1
Figura 1

Estrutura 3D de SARS-CoV-2 Mpró com inibidor nativo N3

Figura 2
Figura 2

Interação de Nimbin com Mpró

Fig. 3
Fig. 3

Interação de Gedunin com Mpró

Fig. 4
Fig. 4

Interação de Epoxyazadiradiona com SARS-CoV-2 Mpró

Fig. 5
Fig. 5

Interação dos Ginsesnosídeos com a proteína 6LU7

Fig. 6
Fig. 6

Resultados de docking molecular de 31 ligantes com Mpró de SARS-CoV-2

Fig. 7
Fig. 7

Radar de biodisponibilidade de Gedunin, Epoxyazadiradione, Nimbin e Ginsenosides. A zona sombreada em rosa é um espaço físico-químico estimado para a biodisponibilidade oral. LIPO (Lipofilidade): – 0,7 2 2. INSOLU (Insolubilidade): 0

Fig. 8
Fig. 8

uma Gráfico RMSD de 6LU7 com gedunina e epoxyazadiradiona b Gráfico RMSF de 6LU7 com gedunina e epoxyazadiradiona c Raio de giração de 6LU7 com gedunina e epoxyazadiradiona d Gráfico SASA de 6LU7 com gedunina e epoxyazadiradiona (gráfico azul: Gedunin; gráfico laranja: Epoxyazadiradiona)

Fig. 9
Fig. 9

Histograma de contato proteína-ligante e cronograma de interação particular uma Gedunin b epoxyazadiradiona

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Referências

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