A análise transcriptômica baseada em rede revela novos genes sensíveis à melatonina no sistema cardiovascular

Propósito: A doença cardíaca é uma das principais causas de mortalidade e incapacidade em todo o mundo. A melatonina é um hormônio neuroendócrino e demonstrou ser protetor em doenças cardíacas. No entanto, a base molecular subjacente a este efeito cardioprotetor não é totalmente compreendida. Aqui, pretendemos investigar genes sensíveis à melatonina no sistema cardiovascular usando bancos de dados públicos de expressão de genes.

Métodos: Um método inovador de análise genômica, a análise de rede de co-expressão de genes ponderados (WGCNA) combinada com a análise de expressão diferencial de genes, foi usado neste estudo. O algoritmo foi implementado em R / Biocondutor.

Resultados: Usando este método, fornecemos uma caracterização abrangente dos perfis transcricionais associados ao tratamento com melatonina. Descobrimos que 357 genes diferencialmente expressos (DEGs) eram altamente sensíveis à melatonina no miocárdio de camundongo. A análise de enriquecimento mostrou que esses 357 genes estavam principalmente relacionados a GO: 0051984 (regulação positiva da segregação cromossômica), GO: 0016605 (corpo PML) e GO: 0006281 (reparo de DNA). Obtivemos ainda 5 genes hub dos 357 DEGs, incluindo Set, Dhx40, Scaf11, Cfh e Nup43.

Conclusões: Identificamos vários genes sensíveis à melatonina e ainda identificamos cinco genes centrais. Os cinco novos genes estão possivelmente associados aos benefícios miocárdicos da melatonina.